O conflito possui raízes em movimentos anteriores na região: a Guerra dos Mascates e a Revolução Pernambucana, esta última de caráter republicano.
Frei Caneca, que esteve implicado na Revolução Pernambucana, foi líder e mártir da Confederação do Equador.
O centro irradiador e a liderança da revolta couberam à província de Pernambuco, que já se rebelara em 1817 e enfrentava dificuldades econômicas. Além da crise, a província se ressentia ao pagar elevadas taxas para o Império, que as justificava como necessárias para levar adiante as guerras provinciais pós-independência (algumas províncias resistiam à separação de Portugal). Pernambuco esperava que a primeira Constituição do Império seria do tipo federalista, e daria autonomia para as províncias resolverem suas questões.
A repressão ao movimento foi severa. Dom Pedro I pediu empréstimos à Inglaterra e contratou tropas no exterior, que seguiram para o Recife sob o comando de Thomas Cochrane. Os rebeldes foram subjugados, e vários líderes da revolta, como Frei Caneca, foram enforcados ou fuzilados. Também em retaliação, Dom Pedro I desligou do território pernambucano, através de decreto de 7 de julho de 1824, a extensa Comarca do Rio de São Francisco (atual Oeste Baiano), passando-a, inicialmente, para Minas Gerais e, depois, para a Bahia. Esta foi a última porção de terra desmembrada de Pernambuco, impondo à província uma grande redução da extensão territorial, de 250 mil km² para 98 mil km².